O funcionamento de um banheiro químico envolve a utilização de produtos químicos especiais (geralmente na forma de líquidos ou pastilhas) que quebram os resíduos sólidos e controlam o odor. Os resíduos líquidos são armazenados em um tanque separado, enquanto os sólidos ficam em um compartimento principal. Quando o banheiro é limpo ou esvaziado, os resíduos são tratados e descartados adequadamente.